إصدار قرار إختصاصات القطاع رقم 425 لسنة 2016 وينص على الاتى:

1. إعداد الإستراتيجية العامة لجميع موانى الجمهورية وعرضها على المجلس الأعلى للموانى لمراجعتها واعتمادها ومتابعة تنفيذ قرارته وتوصياته.
2. وضع الخطط والسياسات العامة فى مجال النقل البحرى واللوجستيات بالتنسيق مع هيئات المـوانى والهيئـة المصرية لسلامـة الملاحـة البحريـة والجهات المعنية بالدولة ومتابعة تنفيذها.
3. دعم مشروعات إنشاء الموانى وتطويرها والدراسات والبحوث فى مجال النقل البحرى والخدمات السيادية التى تتطلبها مصلحة الأمن القومى.
4. تمثيل جمهورية مصر العربية فى المنظمات والمحافل الدولية المختلفة.
5. منح وتجديد وإلغاء التراخيص التالية:
   • تشغيل وادارة الموانى البحرية التخصصية والاشراف عليها لضمان استمرار صلاحيتها للعمل من ناحيتى السلامة والحفاظ على البيئة البحرية.
   • الوكالة الملاحية البحرية.
   • إغراق نواتج التكريك وغيرها.
6. إصدار الموافقات لمزاولة الأنشطة التالية:
   • نشاط النقل البحرى (ركاب/بضائع).
   • نشاط النقل البحري الساحلي بين الموانىء.
7. مراجعة واقرار شروط وضوابط الأعمال والمهن المستحدثة فى الموانى البحرية.
8. المراجعة الفنية والمالية والقانونية لمحاضر مجالس الإدارات لهيئات الموانى والهيئة المصرية لسلامة الملاحة البحرية ورفعها لوزير النقل للإعتماد.
9. توجيه السفن الناقلة للسلع الإستراتيجية للموانى المصرية بما يتلائم مع طاقاتها وظروف التشغيل.
10. مراجعة وإعتماد خطط تأمين أمن المرافق المينائية طبقاً للمدونة الدولية لأمن السفن والمرافق المينائيةISPS Code
11. إنشاء وتطوير ومتابعة تشغيل منظومات تتبع السفن.
12. الإشراف على غرف الملاحة البحرية.
13. متابعة تنفيذ هيئات الموانى للقوانين والقرارات الخاصة بحماية البيئة البحرية.
14. وضع خطط وبرامج إنشاء وتطوير نوادى البحارة الدولية ومتابعة تنفيذها والإشراف على تشغيلها.
15. توفير الأجهزة وشبكات نظم المعلومات المتقدمة لربط منظومة النقل البحرى ( بنك معلومات قطاع النقل البحرى) بــهــيــئــات الموانى والهيئة المصرية لسلامة الملاحة البحرية والجهات المعنية وتدريب الكوادر اللازمة لتشغيلها بما يضمن سرعة تبادل البيانات والمعلومات ودعم اتخاذ القرار وخدمة المهتمين بمجال النقل البحرى والباحثين والدارسين وغيرهم.
16. الــتــرشــيـح للـبـعـثـات والـمـنـح الـدراســيــة بـالـتـنـسـيـق مع هيئات الموانى والهيئة المصرية لسلامة الملاحة البحرية.
17. دراسة الاتفاقيات الدولية والثنائية فى مجالات نشاط النقل البحرى والسلامة البحرية والعمالة البحرية وغيرها بالتنسيق مع الجهات المعنية.
18. الرد على ما تنشره الصحف ووسائل الإعلام المختلفة فيما يخص النقل البحرى.
19. تقديم المساعـــــدات والتعويضات المالية للبحارة المصريين وأسرهم فى حالة الحوادث والكوارث البحرية.