قامت هيئات الموانئ البحرية المصرية بإعداد خطط طوارئ معتمدة من جهاز شئون البيئة، وخطط لإدارة المخلفات الصلبة والسائلة الخطرة وغير الخطرة، أيضاً تم توفير وسائل ومعدات مكافحة التلوث البحري بالزيت، وذلك بكافة هيئات الموانئ التابعة، وكذا حصول كل من هيئة ميناء دمياط وهيئة ميناء الإسكندرية على المواصفة الدولية ISO 45001/2018 لنظام إدارة السلامة والصحة المهنية، بالإضافة إلى إنشاء محطات استقبال لجميع أنواع الملوثات؛
هذا وقد قامت هيئة ميناء دمياط بتنفيذ عدة إجراءات من شأنها الحد من الملوثات بأسلوب علمي و عملي لإدارة المخلفات والتقليل من الانبعاثات والمواد الملوثة للبيئة بشكل عام، من أهمها إنشاء محارق للمخلفات حاصلة على الموافقة البيئية، وتحسين جودة الهواء بتوفير أجهزة لقياس معدلات التلوث داخل الميناء و زيادة المساحات الخضراء، وتم تنفيذ الاتفاقية الدولية للحد من الانبعاثات الغازية وطبقا لاشتراطات المنظمة البحرية الدولية لتوريد واستخدام الوقود البحري بنسبة 0.5 ٪ من الكبريت، ولتقليل الانبعاثات الحرارية تم توصيل الكهرباء للسفن من البر للتقليل من الانبعاثات الغازية الضارة الناتجة عن تشغيل السفن وبما يتفق مع الملحق السادس من اتفاقية ماربول 73/78، وكذا تغذية الشبكة الكهربائية بالميناء من خلال الاعتماد على الطاقة الشمسية.
وفي إطار تطوير وتحديث بيئة العمل داخل الموانئ البحرية لتحويلها إلى موانئ ذكية، قامت هيئة ميناء الإسكندرية بتفعيل أول منظومة مصرية GIS) /AIS) لتتبع حركة السفن والحوادث البحرية وإدارة الوحدات البحرية علي خرائط تفاعلية تحتوي علي جميع تفاصيل وقواعد بيانات هيئة ميناء الإسكندرية وكذا كافة ما يتصل بمنظومات التتبع الجغرافي وذلك اعتباراً من يوليو 2021، وكذا قامت الهيئة بتفعيل حجز الشاحنات Online على الإفراجات الجمركية والوثائق التي تحدد الغرض من وجود الشاحنات داخل الميناء الأمر الذى قضى على ظاهرة وجود شاحنات داخل الميناء دون عمل،
وأيضاً تم تنفيذ شبكة بنية تحتية معلوماتية بميناء غرب بورسعيد للربط الإلكتروني بالمجتمع المينائي، كما تم إنشاء بوابات إلكترونية لميناء شرق بورسعيد للتعارف على الشاحنات والسيارات والسداد الإلكتروني المسبق بهدف تقليل زمن الانتظار، قامت الهيئة المصرية لسلامة الملاحة البحرية بميكنة الدورة المستندية باستخدام أرشيف إلكتروني يتناسب مع حجم أعمال الهيئة توفيراً للوقت والجهد، كما قدمت عدة خدمات إلكترونية للجمهور عبر موقع الهيئة على شبكة الإنترنت، من أهمها اعتماد نظام الدفع الإلكتروني للتيسير على المتعاملين مع الهيئة.
كما قامت هيئة ميناء دمياط بتفعيل منظومة التشغيل الآلي لشركة دمياط لتداول الحاويات والبضائع، وتفعيل منظومة المهمل والرواكد لرصد حركتها آلياً، تشغيل وتفعيل منظومة التعرف الآلي على الشاحنات والمعدات، التكامل مع منظومة مع مجتمع الميناء من خلال نافذة واحدة، تفعيل منظومة دورة عمل الصرف والإضافة لأصناف المخازن ومراقبة حركة الأصناف بجميع مخازن الهيئة، وكذلك التكامل مع الوزارات والجهات الحكومية من خلال المحول الرقمي الحكومي G2G بوزارة الاتصالات وتكنولوجيا المعلومات.