يقوم قطاع النقل البحري بتقديم مجموعة من الخدمات المتكاملة  مثل استخراج تقارير إحصائية، إصدار وتجديد تراخيص التوكيلات الملاحية، تراخيص الغوص التجاري، اصدار تراخيص اغراق لأعمال التكريك، توجيه سفن السلع الاستراتيجية، ترخيص ميناء تخصصي، تراخيص السقالات والمشايات المنشأة على السواحل المصرية، موافقات الجهات المعنية (لخدمات النقل الساحلي – الأجهزة اللاسلكية – تصاريح الافراد).